大學教官參與倒扁活動引發爭議，民進黨立委重提教官退出校園。教育部長杜正勝表示，隨著軍訓課從必修變選修，教官在大學的功能和角色確實和過去不同，大學校園是否還需要教官，的確有必要審慎檢討評估。軍訓處處長王福林則表示，近3年來，大專院校教官採「遇缺不補、漸進式員額縮減」，評估最快10年內，教官就會退出校園。
王福林指出，目前部分國立大學是由各校校務基金支付教官薪資，教育部尊重各校自行決定是否需要教官，由教育部適度調整人力。至於私立學校教官的薪資，目前是由教育部補助，教育部將採員額編制管控方式，漸進式縮減大專校院裡的教官員額。